Araguainha teve sua colonização nos anos 40, com a chegada de garimpeiros. Em 1947, o Prefeito do município de Alto Araguia, requereu junto ao governo estadual a criação de um povoado para esta região, que recebeu o nome de Couto Magalhães, em homenagem ao ex-presidente da Província. A Lei estadual nº 1.964 de 11 de novembro de 1963 criou o município de Araguainha, desmembrando do município de Ponte Branca. Este recebeu tal nome devido ao fato da cidade estar situada à margem esquerda do rio Araguainha que deságua no rio Araguaia. Sua emancipação se deu em 24 de fevereiro de 1964.